男主角健一，一个平凡的高中生，在因缘际会下得到了一栋幽灵公寓的钥匙，那把钥匙可以让人达到该栋12楼公寓中「不存在的第13楼」。而13楼的每间房间，都会依照不同的使用者的心，变化成其所希望的家。使用者在得到钥匙的同时，也获得入住该公寓的资格，而主角所得到的是其中1303号房的钥匙。整个故事以这栋公寓不存在的13楼的住户、主角、以及周遭人们的故事。