故事发生在近未来的平行地球“蓝星”。从某日起，名为“虚空裂隙”的现象在全球各地随机出现，释放出来自不同维度的凶暴怪兽，人类文明面临存亡危机。与此同时，名为“光之战士”的巨人也曾降临，击败怪兽后离去，被视为传说中的救世主。然而，一位不速之客的到来打破了这一切——主角穿越成了理论上应属邪恶阵营的黑暗奥特曼，并被一个强制性的“世界守护者系统”绑定。在这个世界，力量属性并不完全等同于立场，但根深蒂固的认知让黑暗与邪恶划上等号。主角必须在系统任务（守护人类、击败怪兽）的强制驱动下，用最黑暗的外表和最凶暴的战斗方式，执行最“光明”的职责，在人类的不解、恐惧与光之战士的敌视中，走出一条属于自己的另类守护之路。

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